Sejarah berdirinya Kementerian Agama Republik Indonesia didasarkan pada beberapa regulasi, diantaranya:
1. Undang-Undang Dasar 1945 Pasal 29 ayat 1 dan 2,
(1) Negara berdasarkan atas Ketuhanan Yang Maha Esa;
(2) Negara menjamin kemerdekaan tiap-tiap penduduk untuk memeluk agamanya masing-masing dan untuk beribadah menurut agamanya dan kepercayaannya itu.
2. Penetapan Pemerintah Nomor 1 /SD Tahun 1946 tentang dibentuknya Kementerian Agama;
3. Penetapan Pemerintah Nomor 5 /SD Tahun 1946 tentang pelimpahan tugas-tugas keagamaan dari beberapa departemen, mencakup perkawinan, peradilan agama,
kemesjidan,urusan Mahkamah Islam Tinggi dan pengajaran agama di sekolah-sekolah;
4. Berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI Nomor: 1 /SD Tahun 1946, tanggal 03 Januari 1946, tentang Pendirian Departemen Agama yang ditetapkan di yogjakarta;
5. Kedudukan Departemen Agama sebagai bagian dari Pemerintahan Negara yang dipimpin oleh seorang Menteri Agama bertanggungjawab langsung kepada Presiden;
6. Berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Tahun 1956, maka ditetapkan “ hari berdirinya Kementerian Agama dalam Republik Indonesia yaitu
hari Kamis tanggal 3 Januari 1946 (Masehi) bertepatan dengan tanggal 29 Muharram 1364 Hijriah,
Terbitnya Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 18 Tahun 1975 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama, maka dari itu Kantor Perwakilan
Departemen Agama diseluruh wilayah Indonesia berubah nama menjadi Kantor Departemen Agama termasuk di Kabupaten Sidoarjo dan diikuti pula perubahan nama unit kerja
menjadi Seksi Urusan Agama Islam, Seksi Penerangan Agama Islam, Seksi Pendidikan Agama Islam serta adanya penambahan unit kerja Seksi Perguruan Agama Islam dan Sub
Bagian Tata Usaha yang menangani bidang administrasi dan kepegawaian.
Berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan Organisasi Kementerian Agama, serta berdasarkan Keputusan Menteri Agama menjadi Kementerian Agama, maka terhitung sejak tanggal 03 Desember 2009 Departemen Agama berubah menjadi Kementerian Agama. Lebih dari itu bukan hanya nama Kementerian Agama pusat saja yang berubah tetapi diikuti oleh semua Kantor Wilayah di Provinsi dan Kantor di Kabupaten, termasuk di Kabupaten Sidoarjo yakni Kantor Departemen Agama Kabupaten Sidoarjo berubah menjadi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sidoarjo, dengan demikian perubahan tersebut menyebabkan segala penggunaan atribut seperti logo, lencana, badge, kop surat, stempel, papan nama dan lainnya menunjuk kepada Kementerian Agama yang menggunakan penyebutan Departemen Agama harus disesuaikan menjadi Kementerian Agama.
Selama tiga tahun terakhir ini Pengelolaan arsip di Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota banyak yang berubah, bukan berubah ke arah yang baik, tetapi ke arah
ketidaksesuaian dengan pedoman kearsipan kementerian agama. Pengelolaan arsip tidak lagi mengikuti ketentuan yang termaktub di dalam KMA Nomor 81 Tahun 1984 dan
PMA Nomor 10 Tahun 2005 tentang Petunjuk Pelaksanaan Sistem Kearsipan Arsip Dinamis dan KMA Nomor 44 Tahun 2010 tentang Pedoman Penataan Kearsipan Di lingkungan
Kementerian Agama. Banyak prosedur dan tata cara kearsipan yang sudah ditinggalkan oleh para petugas kearsipan. Prosedur yang ditiadakan itu meliputi pengurusan surat masuk,
surat keluar, tata cara penyimpanan arsip aktif dan in aktif, penyimpanan, pemeliharaan sampai ke pemusnahan arsip.
Seperti halnya yang terjadi pada sistem kearsipan pada
Kementerian Agama salah satunya Kementerian Agama Kabupaten Sidoarjo pada tahun 80-90 an masih belum diperhatikan dengan baik, serta tertata rapi. Selain itu, Sumber Daya
Manusia dalam Pengelolaan Kearsipan pada Kementerian Agama di lingkungan Provinsi Jawa Timur pertama kali terdapat di Kementerian Agama Kabupaten Sidoarjo Pada Tahun 1998.